NGS预处理,定位和从头组装

导入任何数据类型,解复用,修剪,过滤,汇编或映射到引用。

 

导入各种格式

原始数据机器直接关闭了?测序供应商的组装结果?来自生物信息学管道的分析输出?Geneious拥有识别这一切的能力。只需拖放即可从包括Illumina,PacBio,Nanopore,Ion Torrent和454在内的几乎任何测序设备导入FASTQ,FASTA,BAM,VCF,GFF和其他格式。
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广泛的预处理

清洁数据对准确的下游分析至关重要。 通过利用所有必要的预处理工具,确保您的数据处于最佳状态:

  • 通过条形码解复用/分割
  • 通过阅读质量修剪和过滤
  • 修剪适配器
  • 合并配对读取
  • 去重复
  • 错误正确并正常化
  • 滤除嵌合体
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可靠的参考映射

不要在质量上妥协! 与其他常用映射算法相比,独特的Geneious Read映射器及其迭代方法可以产生出色的结果,并且可以正确对齐结构变体。 如果你需要一些不同的东西,Bowtie,TopHat和BBMap都可以在你的指尖中运行。

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灵活的 De Novo 序列拼接

Geneious Assembler具有足够的灵活性,可处理来自任何类型测序仪的数据,并且可以读取任意长度的数据,包括来自不同测序仪的读取和混合读数。 对于产生圆形重叠群的独特能力的微生物组装尤其有益。 另外,运行MIRA,SPAdes,Tadpole(蝌蚪)或Velvet也同样容易,MAUVE基因组比对可以帮助您进行基因组比对和整理。

使用Geneious的映射,覆盖和变体调用

视频简介

 

 

免费中英文教程

下载免费试用版和我们的其中一个教程,以交互方式掌握Geneious的功能。

教程 - De Novo组装拼接

了解如何执行短读取NGS数据的重新汇编,如何处理配对结束的数据,并根据参考序列检查装配的质量。

教程 - 组装色谱图

了解如何为下游分析组装和编辑色谱图。

教程 - DNA取证

该模块的目的是编辑和分析一些“原始”DNA序列数据,以确定野生动物法医病例中生物样本的来源。

应用笔记

圆形新会议

在这项研究中,使用Geneious  de novo 汇编 器从短阅读NGS序列数据组装两个线粒体基因组 ,并将结果与​​由Velvet,MIRA和SPAdes产生的组装进行比较。

De Novo细菌基因组序列拼接

Illumina MiSeq数据组装和注释细菌基因组的工作流程。

叶绿体De Novo组装拼接

使用Geneious从短读数NGS数据集中重建一个完整的,循环的,注释的叶绿体基因组。

寨卡病毒的鉴定

探索Geneious中的一条管道,该管道允许从疑似感染患者身上进行的高通量宏基因组数据中准确识别和分析低浓度ZIKV。