NGS可视化和下游分析

注释基因组和组件的美丽可视化,强大的变体调用和RNA-Seq表达分析。

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轻松的可视化和导航

只需点击一下geneious,就可以获得所需的可视化数据。 注释基因组,循环基因组,映射读取,重叠群都显示在我们高度可定制的序列视图中。 选择要显示的其他注释的着色方案,图形和轨迹,然后使用动态注释搜索和位置跳转来查找您要查找的内容。

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强大的SNP变异分析

通过多功能的Geneious算法或众所周知的FreeBayes查找SNP /变体。 如果您有来自外部管道或供应商的变体调用,只需拖入VCF即可。 通过与已知变体进行编程比较来识别新的变体,或者使用我们的动态表格视图进行排序和过滤,然后通过切换到同步序列视图来查看基因组上下文。

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简单的RNA-Seq表达分析

计算来自映射读取的表达水平,然后进行样品之间的配对比较以鉴定差异表达的基因。 如果没有统计编程语言方面的专业知识,R使用行业标准DESeq2软件包比较两个条件之间的表达式,每个条件都有重复样本。

切换到PCA Plot选项卡,使用主成分分析检查数据的质量,然后切换到交互式火山图以发现感兴趣的基因。 在火山图中选择一个基因后,您可以在序列视图中直接跳到该图,其中所有基因都根据差异表达进行热图着色。

Geneious可视化与下游分析教程

 

中/英文教程

下载免费试用版和我们的其中一个教程,以交互方式掌握Geneious的功能。

教程 - 表达分析

学习从RNA-Seq数据计算标准化表达度量。 测量来自两个不同样品条件的数据集上的RPKM,FPKM和TPM,然后计算两个样品之间的差异表达。

教程 - 使用DESeq2进行表达式分析

了解如何在Geneious中使用DESeq2,以比较两种样品条件下的重复表达水平。

应用笔记

寨卡病毒基因的鉴定

探索Geneious中的一条管道,该管道允许从疑似感染患者身上进行的高通量宏基因组数据中准确识别和分析低浓度ZIKV。