中国CDC使用Geneious Prime是怎么鉴定出来2019-nCoV新型冠状病毒和发现进化的？

Geneious Prime作为关键性工具对新型冠状病毒基因组分析、自动注释、查看和操纵病毒进化系统发育树

细胞培养中的病毒分离，基于免疫荧光的测定法和确定核酸的分子技术已成功用于检测和鉴定病毒。另一方面，最常用的病毒定量方法可分为三大类：测量病毒感染性的技术（病毒噬斑测定，TCID₅₀和免疫荧光病灶分析），检查病毒核酸和蛋白质（qPCR，免疫印迹，免疫沉淀，ELISA和血细胞凝集分析）的试剂，以及直接计数物理病毒颗粒的试剂（病毒流式细胞仪和透射电子显微镜）。由于这些已建立的独立方法都有一些局限性（表1）。

在这里，我们罗列了一些最常见的病毒鉴定和定量方案，目前在实验和诊断病毒学中普遍使用它们。基于后来改进的病毒鉴定和定量技术，如质谱法和下一代测序/宏基因组学(mNGS)，人们进行了探索，从而以克服它们的局限性。而此次2019-nCoV新型冠状病毒的发现mNGS技术就扮演了相当重要的"先知"角色，更使得技术人员在第一时间警觉不会束手无策，并从而奠定后续快速鉴定、诊断之路。亲历人员更回顾性总结发出“今夜再次被证实，mNGS技术将被推向神坛”的预言。

我们基于中国CDC发表在《柳叶刀》的重要文献梳理了基于mNGS技术鉴定2019-nCoV新型冠状病毒的技术路线、对下游RT-PCR试剂开发的支持、以及病毒进化分析的前世今生的方法进行了归纳。参考下图（如看不清此图请扫码免费共享高清大图）。