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系统发育
核苷酸分析
- 奥古斯都真菌基因预测与奥古斯都
- 补体/反向补体或逆转DNA序列，不做两者兼而有之
- CpG群岛通过预测CpG岛找到DNA甲基化的目标
- CRT查找细菌和古细菌中的现有CRISPR位点
- EMBOSS Nucleotide预测转录因子和蛋白质编码区
- FreeBayes单倍型基于FreeBayes的变种发现。
- 微光预测用Glimmer预测微生物DNA中的基因
- 杂合子通过二级峰调用识别色谱图中的杂合子
- 微卫星简化微卫星基因分型
- Mutate和Shuffle自动改变或随机播放序列
- Phobos使用Phobos搜索串联重复序列/微卫星的基因组
- 多态性SSR使用Phobos在比对中找到多态性串联重复序列
- 重复查找器查找大而遥远的重复
蛋白质分析
- 卷曲线圈预测蛋白质卷曲螺旋区域
- EMBOSS蛋白预测二级结构，抗原区和信号切割位点。
- EMBOSS工具
- InterProScan使用InterPro域自动注释蛋白质
- PDB结构AlignerPDB蛋白质序列的结构比对
- 跨膜预测蛋白质的跨膜跨越区域
对准
- Clustal Omega使用Clustal家族的最新成员进行多序列比对。
- LASTZ使用LASTZ对齐大型基因组
- MAFFT使用MAFFT快速准确地进行多序列比对
- Mauve使用Mauve对齐多个基因组以识别大规模进化事件
- SeqPartitionerPartition等位基因来自多个比对的多重集合
