关于CRISPR.MIT.EDU

CRISPR设计工具的用途

CRISPR设计工具是一种网络工具，旨在通过以下方式简化CRISPR指南在输入DNA序列中的选择过程：（i）发现全基因组可能的非靶标，（ii）突出显示具有高靶特异性的指南，以及（iii）目标基因组中的许多或基因外源目标。

使用CRISPR设计

要使用CRISPR设计位点工具，只需：

1. 前往crispr.mit.edu的提交页面
2. 进入DNA序列
3. 选择一个目标基因组，

将扫描序列以寻找可能的CRISPR指南（20个核苷酸，然后是PAM序列：NGG），并在整个选择的基因组中扫描可能的目标匹配。作业输出将显示在作业输出页面上，每个指南链接到一个非目标列表，并按照从零到100％的分数顺序呈现，粗略地表示每个指南的忠实的目标活动。

解释分数

CRISPR设计工具输出页面：

呈现查询序列中所有可能的指南的排名列表，按照100％减去目标基因组中的目标活动的信仰度排序，减去目标基因组中的目标命中分数的加权和。

显示每个指南的顶级匹配的目标命中分数，并且通过考虑错配总数，绝对位置不匹配来计算 - 以适应接近PAM站点的相对较高的不匹配干扰，以及不匹配之间的平均配对距离 - 解释中断邻近错配对破坏指导-DNA相互作用的空间影响。

单击的分数

用于评分单个目标的实际算法是：

在第一学期内，e运行在导向和非目标之间的不匹配位置，M：

代表实验确定的不匹配位置对靶向的影响。（Hsu等，Nature Biotechnology 2013）

而且，术语二和三分别表示错配（d）的平均配对距离和高度不匹配目标的阻尼惩罚的影响。

指南汇总分数

一旦个人点击得分，每个指南都会得到一个分数：

并且根据指导质量的广泛分类进行着色，考虑到高分离目标中存在或不存在标记基因，表明在查询区域中使用特定指导用于特定目标的相对（不）有利度。

指南选择

聚合得分大于50％的指南是绿色的，并且如果没有得分偏高的目标落在标记的基因区域中（如右表所示），则应该被视为候选靶向序列。如果没有合适的绿色指南清除高分，极端目标，那么指定黄色的指南应视为具体目标的备份。红色指南在目标基因组中有很多可能的目标相互作用，应该避免。