Geneious,

唯一的用户友好的系统发育分析软件

对齐序列,使用您选择的算法构建和查看系统发生树,并编辑图像进行发布 - 全部在一个程序中。

Odoo图像文字块

内置可能性,距离和贝叶斯树的构建方法

交互式距离矩阵查看器可以让您快速计算有意义的统计数据以进行系统发育分析

Odoo图像文字块

发育树建设和查看没有杂文件

只需在Geneious中选择任何对齐方式,然后选择算法即可通过简单的单击方法生成您的发育树

您选择的树木算法

  • 邻居加入 - 使用快速简单的邻居加入方法在几秒钟内为大量分类群建立自己的引导树
  • UPGMA - 用于系统发育重建的简单快速分层聚类方法
  • MrBayes - 对于贝叶斯系统发育的估计,Geneious合并了可以在本地机器上运行的MrBayes插件。
  • PAUP * - 通过我们精简的GUI界面从Geneious内部启动PAUP *插件,以执行Maximum Parsimony,Maximum LIkelihood。 您必须拥有或购买PAUP *的副本才能使用此插件
  • PhyML - 利用PhyML插件最大限度地实现最大可能性
  • 用于快速似然推断的GARLI-遗传算法
  • RAxML-随机化轴向最大似然
  • FastTree - 核苷酸或蛋白质序列比对的近似最大似然系统发育树

导出您的系统发育图稿并发布

操作显示设置来自定义分支标签,节点标签,结束标签,树形状,树形比例或颜色分支,让您的树看起来完全符合您的需要。 一旦你的树建成保存为高品质的矢量格式,如svg,pdf或eps用于发布或打印它,以便您可以将其粘贴在墙上。

系统发育树构建教程

 

教程

下载免费试用版和我们的其中一个教程,以交互方式掌握Geneious的功能。

教程 - 系统发育树:HIV案例研究的起源

使用Geneious使用分子系统发育工具来研究人类免疫缺陷病毒(HIV)的进化起源。

教程 - 植物分子进化

使用BLAST和多重比对标注植物DNA序列,然后学习如何阅读系统发育树以探索遗传距离。

应用笔记

创建SNP树

关于如何使用来自埃博拉病毒分离株的下一代测序数据在Geneious中生成SNPtree的概述。

寨卡病毒的鉴定

探索Geneious中的一条管道,该管道允许从疑似感染患者身上进行的高通量宏基因组数据中准确识别和分析低浓度ZIKV。