以下内容基于智能翻译，仅供参考。

系统发育树被用来推断序列之间的进化关系。Geneious可以使用距离，最大似然或贝叶斯方法构建系统发生树。本指南介绍了在Geneious中构建树并操作树查看器的基本步骤。  

在开始建造树木之前，您应该熟悉树木的构建原理以及每种方法的优缺点。下面的评论是一个很好的开始。

Molecular phylogenetics：principles and practice，Nature Reviews Genetics 13,303-314（2012）。DOI：10.1038 / nrg3186

1.对齐你的序列

在构建系统发育树之前，您需要对齐序列。要做到这一点，选择所有的序列，然后选择对齐/组装 - >多重对齐。  该链接提供了可用算法的指南。  

一旦您对齐后，选择它并单击树打开树建设选项。 

2.选择你的树木建造者和参数

在树木建筑选项的顶部，您会看到可用的树木构建算法。这包括内置的Geneious Tree Builder（和共识树构建器）以及您已安装的任何插件。  

Geneious Tree Builder使用Neighbor-Joining或UPGMA方法生成距离树。此外，下列插件可用于生成最大似然，简约或贝叶斯树：

PHYML - 最大可能性

RAxML - 针对大数据集进行优化的最大可能性

Garli - 最大可能性

FastTree - 极大数据集的近似最大似然

PAUP * -简约或最大似然（需要自己PAUP *的副本，无论是4.0b10版本，或4.0a149及以上来自这里）

MrBayes - 贝叶斯分析

有关最大似然树型构建器的更多信息，请参阅此链接。

每个树生成器都有一个用于指定进化模型和其他参数的不同接口。我们建议您查阅每个树木生成器的用户手册，以熟悉可用的选项。您也可能希望在Geneious之外使用像Modeltest这样的程序，以在构建树之前为您的数据确定最佳模型。

3.运行你的树

点击OK开始你的树建设。构建树所花费的时间取决于您选择的算法，对齐的大小以及您选择的参数（例如引导程序复制的数量）。距离树通常很快完成（几分钟内），但最大似然和贝叶斯树可能需要几小时甚至几天才能运行。

4.查看你的树

当树完成运行后，将会创建一个新的树文件并在查看器中自动打开。默认情况下，Geneious以矩形（根目录）布局显示树，即使该树没有根。圆形或放射形格式的选项可以在“ 常规” 选项卡下找到，以及“缩放”控件。  

如果您希望树根，请点击您希望指定为外群的分类群节点，然后单击Root。  要在不更改拓扑的情况下垂直翻转分类群的位置，请使用“ 交换兄弟” 选项。

查看器顶部的控件还包含用于在树上着色和设置字体大小的选项。要为整个分支着色，请选择分支基部的节点并选择颜色节点。

在树形视图右侧的控件中，您可以选择在树的顶端显示哪个字段（例如名称，描述，生物体，加入等），并启用支持值和分支长度的显示。   

要查看树的底层对齐，请单击查看器上方的“对齐视图”按钮。在树视图中进行的更改也会反映在对齐视图中。例如，如果您在树视图中着色节点，这些也将在“对齐视图”中着色。“对齐视图”中序列旁边的蓝色箭头表示这些序列链接到原始源序列。这意味着对源序列所做的任何更改（例如编辑名称）都会传播到对齐和树中，并且树上所做的任何更改都会传播回源。