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基于机器学习翻译,仅供参考
练习1:查找CRISPR位点
在本练习中,您将运行Find CRISPR位点功能来查找LYP1 CDS序列上的“GN(20)GG”CRISPR网站。
选择LYP1 CDS(这个文件是geneious专用的demo数据格式,当您下载了geneious可以导入进去使用,或者导入您感兴趣领域的数据)文档,然后转到克隆→查找CRISPR位点。
首先,将选项重置为默认设置。要做到这一点,点击窗口左下角的齿轮,并选择重置为默认值(如果当前设置为默认设置,这将变为灰色)。
由于我们想要在此序列中的任意位置查找CRISPR位点,因此在绑定位点旁依次选择无处不在。
在Motif面板中,使用Target和PAM字段指定要搜索的gRNA序列。如果您希望评估所有潜在的CRISPR位点,请在目标框中输入N(20)。或者,如果您想要检查异地绑定的特定序列,则可以在目标框中输入确切的序列。在本教程中,我们对“GN(20)GG”指南序列感兴趣。目标序列为GN(19),PAM序列为NGG,因此目标字段类型为“GN(19)”,PAM Site字段类型为“NGG”。这些字段下方的预览显示了该目标和PAM序列的指导序列 - 即GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG
在本练习中,我们只关注“GN(20)GG”位点在序列中的位置,因此取消选中通过脱靶分析对位点进行评分的选项。我们要评估每个位点的活动,因此请通过检查目标活动来保持分数网站。对话框现在应该如下图所示。点击确定运行搜索。
Geneious将使用“GN(20)GG”基序鉴定该序列上的任何CRISPR位点并对其进行注释。“查找CRISPR位点”功能每次运行的注释都被分组到一个标有CRISPR位点的新轨道中。CDS中有41个“GN(20)GG”CRISPR位点。
将鼠标悬停在其中一个网站上,您将看到一个弹出式窗口,其中包含有关该网站的信息。该信息包括On-target活动评分,其是在该位点的gRNA结合和Cas9切割效率的量度,如在Doench等2014中所计算的。此分数是介于0和1之间的数字,数字越高表示预期活动越高。CRISPR位点注释根据此分数自动着色,从绿色(高分)到黄色和红色(差分)的渐变。
要从序列中删除这些注释,请单击序列视图中曲目名称左侧的箭头,然后选择删除曲目。
未完,继续第三[3]部分
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问: 18-5-20 下午1:47 |
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最后更新: 18-5-20 下午2:28 |